实际应用中，对于重复数目的选取主要考虑以下两个方面：1取样误差；2基因差异的大小。在各种生物学材料中，样本间误差值由低至高依次为培养细胞、动植物组织、人体正常细胞，最后是人体肿瘤组织(往往需要取到6-8重复及以上)。对于样本间误差大、基因差异小的情况应适当增加重复样品的数量。

对于您设计的这个实验，您认为样本间的误差是比较小的，可以适当减少重复的数量。建议您最好能够设置至少3个生物学重复，原因如下：a统计学上一般是认为3个及以上生物学重复计算出来的统计学差异才有意义，如果您仅设计2个生物学重复，在后续发文章时，很可能会因为生物学重复设置不够被编辑质疑；b开始没有设生物学重复或者设两个生物学重复，后续分析或者写文章的过程中发现需要补生物学重复，这种情况下，由于不是一批实验，不同批次实验材料之间误差和系统误差都会变大，结果肯定是没有同一批次做出来的结果准确和漂亮。c很多分析必须在设3个及以上生物学重复的时候才能进行。您以后可能会利用这一批数据进行深层挖掘，比如共表达分析，miRNA-mRNA关联，甲基化-miRNA关联，lncRNA靶基因预测、各种组学联合等等分析，那么这些分析很多都是基于至少三重复的基础上进行的。

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