lncRNA有两类，一类包含polyA尾巴，而更多的一类并没有包含polyA尾，所以如果采用一般富集polyA的方式建库，大量的lncRNA会丢失。
有许多lncRNA与已知基因位置是重合的，只是与已知基因相比，这类型的lncRNA是antisenseRNA，非链特异性建库无法识别这种类型的lncRNA，所以一般是进行链特异性建库。