利用双向电泳(2D)和聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离蛋白质混合物,收集目的蛋白质胶点和胶条,经胶内酶解后,利用质谱来确定样品中的蛋白质组成,其基本原理是利用质谱仪得到二级质谱的离子峰分布来鉴定样品中的肽段,进而鉴定蛋白种类。
此外也可以对蛋白上的修饰位点进行鉴定,可以对目前所有已知的修饰类型及一些特殊的小分子药物在蛋白上的修饰位点进行鉴定。
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