4DLabel-free蛋白组

Label free是一种不依赖于同位素标记的非标记蛋白组定量技术,通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需使用昂贵的稳定同位素标签做内标,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。


样品要求:

样品类型

样品要求(/样本)

蛋白质提取物

浓度>1ug/ul,蛋白质总量>300ug

细胞样本

细胞量>107个细胞

组织样本

动物/植物新鲜组织>200mg

体液样本

血液体积>500ul,无溶血

微生物样本

>50mg或者离心后体积>100ul


技术原理:

根据一级质谱相关的肽段峰强度(Mass spectral peak intensity)、峰面积(Peak area)、液相色谱保留时间(LC retention time)等信息,基于肽段母离子强度(或色谱离子流的峰面积,即XIC),

以MS1为定量基础,计算每个肽段的信号强度在LC-MS色谱上的积分,进行定量。


tims TOFpro:

QE或QE-Plus


流程及报告内容:


整个实验分为预实验和正式实验部分,总实验周期为6周。预实验部分包括:蛋白样品制备,蛋白定量,SDS-PAGE胶,蛋白酶解,质谱预实验,出具预实验报告。以确保蛋白和肽段样品符合正式实验的要求。

正式实验部分包括:色谱分级(选做),正式实验质谱分析,数据库检索及出具正式实验报告。  

报告内容包括实验原理,实验流程,实验试剂仪器,实验步骤及参数,实验结果。

分析数据:全部检测蛋白的登录号及名称,分子量、等电点、肽段数等常规数据,蛋白定量数据及相应的p值。

生物信息学分析数据:统计学差异表达蛋白的GO,pathway,network分析报告。

RAW文件:质谱原始数据文件 


技术优势:

无需昂贵的同位素标记试剂,实验周期短,性价比最高

可用于不同物种间的“有无差异蛋白”比较

克服标记定量技术在样本数量的上限制,灵活方便